Le projet scientifique est articulé autour de 4 axes thématiques :

- Axe 1 : Contacts de cultures et Constructions identitaires,

- Axe 2 : Espaces de pouvoir et constructions territoriales,

- Axe 3 : Milieux et systèmes socio-économiques,

- Axe 4 : Rites et croyances.